изза быстрого перемещения головок туда-сюда,
но это не лечиться вообще,
кроме:
1. правильного расположения интенсивно используемых файлов при такой работе
- примерно в одном месте диска,
т.е. не должно быть часто используемых совместно файлов
в разных разделах диска.
2. увеличения памяти в 2 раза для охвата большего объёма диска при кешировании частых обращений к диску.

А как быть с системой?
Раньше производительность компов была мала, и память была мала,
потому для производительных компов видеомонтажа
применяли два диска - один для системы, второй для файлов.
Тогда при постоянной работе система елозит головками сист.диска по одному месту сист.диска,
а прога елозит головками файл.диска по одному месту файл.диска.

Ныне некоторые для ещё большего ускорения применяют SSD для сист.диска,
но я не в курсе даёт ли это дальнейшее усокрение. по сравнению с просто 2 дисками.